Почему ягоды в варенье всплывают?

Это - чистая физика.

Всплывают не все ягоды и это во многом зависит от консистенции варенья. Если варенье сварено не до состояния крутой массы, а имеет довольно-таки много сиропа, некоторые ягоды, возможно, будут плавать, но большинство - опускаются на дно.

В горячем варенье (когда его варят), все понятно: внутри ягод образуются пузырьки воздуха, которые поддерживают ягоды "на плаву", т. к. плотность любой ягоды в этом случае ниже плотности сиропа. В большинстве случаев, когда эту массу охлаждают, ягоды опускаются на дно, т. к. пузырьки воздуха внутри ягод охлаждаются, сжимаются (тепловое сжатие-расширение), заполняются сиропом и плотность ягоды становится больше, чем плотность жидкости (это закон Архимеда из физики). Если же в охлажденном варенье плотность ягоды ниже, чем плотность сиропа, она будет плавать.