Если начальница спрашивает чем занимаюсь — значит недовольна?

Нормальный вопрос. Начальница хочет знать, правильно ли вы понимаете свои задачи и справляетесь ли с ними. Другое дело - каким тоном она спросила. От тона многое зависит. Если тон недовольный или пренебрежительный, то это не слишком хороший признак, если же - нейтральный - все в порядке.

В любом случае не стоит нервничать. Ваше состояние передается окружающим, и вы будете практически излучать неуверенность в себе. Окружающие такие вещи схватывают моментально, а начальники - особенно. Вы должны отвечать спокойным, уверенным тоном, всем своим видом показывая, что вы справляетесь. Если есть что-то, что вы действительно не поняли или сделали неправильно, и это уже "выплыло" на поверхность, то лучше всего спокойно сказать, что да, в этом вы еще не до конца разобрались, но или додумаете сами, или спросите у более опытных коллег. Удачи!