Почему в 1812 заняв Москву, Наполеон не пошел на Санкт-Петербург?

Потому, что понял - он проиграл. Остался без боеспособной конницы, без надежного снабжения. Потерял не разбитую русскую армию, да и Кутузов его попросту перехитрил, с помощью ночных, лишних костров, внушив мыслю Бонапарту, что русская армия гораздо больше чем тот ожидал.

Наполеон понимал - пойди он в Питер - ему с России не уйти. От слова совсем.

Во времена Наполеона исход войны решался генеральным сражением, оно произошло под Бородино, русская армия отступила и сдала Москву. По всем правилам того времени российский император должен был запросить мира и договориться с императором Франции. Но этого не случилось, Кутузов с армией исчез на просторах России, французы осваивали Москву, а в Россию пришел генерал Мороз, а в те времена воевали только летом. А с Морозом договориться нельзя, он быстро превратил армию Наполеона стучащую зубами и голодную толпу, которая воевать не могла. Не было людских ресурсов, не было продовольствия, поэтому нужно было спасать армию, которая к тому времени уже начала разбегаться в разные стороны. Конечно, можно было двинуться к столице России, но до границы было ближе, а по дороге в Санкт-Петербург вся армия Наполеона сгинула бы без следа.

Военная наука к 19-му веку была проработанной и проверенной практикой дисциплиной. Вопросы стратегии и тактики изучали детально и старательно. Наполеон был одним из "лучших учеников" в этой школе. Даже если полагаться только на античную школу военной науки поход на СПб не имел смысла. Географически, экономически и политически взятие Санкт-Петербурга ничего не решало, после взятия центра и Москвы и удержании (оккупации) этой территории хотя бы на год, СПб упало бы в руки Наполеона как "гнилой плод" из-за отсутствия притока людских и материальных ресурсов.

Во-первых, до занятия Москвы Наполеон предпринимал попытки пойти на Санкт-Петербург. Но его туда не пустили (армия Витгенштейна, см. мой ответ тут). А ведь именно Санкт-Петербург тогда был официальной столицей России, где был царский двор. Заняв Санкт-Петербург, Наполеон мог ожидать, что Александр I запросит мира.

Во-вторых, после Бородинского сражения и разложения французского войска после взятия Москвы и пожара в Москве (2—6 сентября [14—18 сентября] 1812 года) у Наполеона уже не было сил пойти на Санкт-Петербург. К тому же уже приближалась зима, которая для французов была более опасным противником, чем армии М.И.Кутузова или М.Б.Барклая-де-Толли.

Вспомним также план "Скифской войны", который отстаивал и претворял в жизнь М.Б.Барклай де Толли. Это организованное отступление в глубь страны, избегание генерального сражения, ведение арьергардных боёв, уничтожение при отступлении складов с боеприпасами и продовольствием. Главные силы Наполеона стали гоняться за главными силами русских (армии Барклая-де-Толли и Багратиона). Таким образом в ходе "Скифской войны" основные силы русской армии были сохранены, а французская армия была измотана, коммуникации сильно растянуты.

Тактика "Скифской войны" (постоянного отступления) не получила поддержки у населения России, поэтому Александр I был вынужден заменить главнокомандующего на М.И.Кутузова и дать генеральное сражение под Бородином.

По теме см. также тут, тут, тут