Куда делся кислород, который был миллионы лет назад в большом количестве?

Какая связь между размерами животных и количеством кислорода в атмосфере - я не понимаю. Слон крупнее мыши, но дышит той же атмосферой. На килограмм живого веса мышке даже больше, чем слону, кислорода требуется. К тому же и слон, и мышь - теплокровные. Окислительные процессы в организме тратятся не только на физическую работу, но и на поддержание температуры тела. Причём на поддержание температуры, да ещё в северных широтах мышам приходится тратить существенно больше энергии, чем на физические нагрузки.

А вот гигантские рептилии и насекомые к теплокровным не относятся. Им достаточно той температуры, до которой солнышко или воздух их нагрели. Все калории, поступившие в организм, идут не на обогрев гигантской кубатуры динозавра, а исключительно на его передвижение.

Впрочем, один из механизмов потери кислорода из атмосферы по отношению, скажем, к каменноугольному периоду известен. Вместе с останками животных и растений кислород оказывается в составе органики внутри почвы. К примеру торф (чисто перегнивающие остатки травы и чуть реже животных) содержит от 24-х до 45-ти процентов кислорода.

В былые времена на Земле обитали бактерии, которые могли этот торф использовать для своих потребностей, превращая его в каменный уголь. Каменный уголь содержит лишь от полутора до пятнадцати процентов кислорода. Остальной кислород возвращался в природный кругооборот. Но потом эволюция породила некую плесень, которая образование углей на корню пресекла (по последней ссылке). И с тех пор торфы вместе с кислородом накапливаются, а каменный уголь не вырабатывается. И кислород так и остаётся погребённым в торфяниках.