Уменьшить расстояние между атомами и молекулами, возможно?

Теоритически, такое сокращение приведет к изменению физических свойств объекта, поэтому вряд ли живые объекты можно подвергать таким экспериментам. Но возможно, ответ кроется в теории относительности, теории форм релятивистских объектов - т. к. один и тот же предмет может выглядеь при определенных условиях соверщенно иначе (маленьки, больше, чем есть на самом деле) в зависимости от формы наблюдения.

При охлаждении тела сжимаются. Это и в школе изучают. Сокращение размеров происходит за счет снижения теплового движения молекул.

Расстояние между атомами уже сложнее. Но опыт есть. Водородная бомба. Дейтерий обжимается во вполне соизмеримых масштабах - во многие-многие разы. Но конечно к живой природе это не имеет отношения.

Сделать как в фильме - невозможно.

Уменьшить расстояние между молекулами и атомами можно сменой агрегатного состояния (в жидкости расстояния между молекулами значительно меньше, чем в газе), охлаждением (особенно с изменением кристаллической решетки) или большим внешним давлением (гигантскими давлениями удается уже вжимать электронные оболочки друг в друга).