Удалят ли репутацию за награду «Снайпер», если мой процент (см)?

Нет, не удалят. Никогда на сайте не отнимают баллы репутации за исключением штрафов, которые присуждают модераторы за нарушение правил сайта.

Любые баллы, полученные в процессе работы, навсегда останутся с вами.

Например, если ваш ответ был избран лучшим и вы получили за него 10 баллов, его могут переизбрать, назначить новый ЛО из последних ответов, но у вас баллы не снимут.

То же и с наградами, например "Толстой" - получит человек соответствующую награду, а после количество символов в его ответах снова снизится - баллы всё равно остаются.

С наградой "Снайпер" аналогично. Все, что заработали, никогда не отбирают назад.