Почему вещества проявляют различные свойства?

Потому что имеют разный состав и строение.

Если вы имеете ввиду атомы, то состав и строение атомов, если молекулы - то состав и строение молекул. Химические свойства атомов обычно определяются внешними электронными оболочками, химические свойства молекул - наличием определенных групп атомов (в органической химии - функциональных групп, в неорганической - определенных ионов).