Почему считается, что вред ГМО нейтрализуется при термообработке?

Ну, не то, чтобы "нейтрализуются", но частично снижается.

При термообработке разрываются связи в сложных молекулах и, таким образом, если какие молекулы вредны изначально, от них остаются только обрывки. На этом и основано такое высказывание.

Но не все молекулы разрушаются при термообработке. Более точно, можно установить только исследованием конкретного продукта с количественным анализом результата.