Почему дОмен, а не домЕн?

Это привычка употребления. Здесь, наоборот, говорится, что нужно ставить ударение на 2й слог.

Я подозреваю, что привычка ставить ударение на первый слог в подобном слове, опирается на латинское правило чтения (многие в вузах изучали латынь, в той или иной мере): ударение на предпоследний закрытый слог. Но естественно, к этому слову данное правило неприменимо, и ударение следует ставить на второй слог, как и говорится в словарной статье по ссылке выше.