Камень — это вещество или тело?

Смотря что вы имеете в виду. Если то, из чего состоит камень, вы говорите о веществе. Если то, что вы держите за пазухой или бросаете в чужой огород, то это некое тело.

Камень состоит из различных минералов (веществ), а по сему можно считать камень именно телом, которое образованно набором множеством веществ.

Ответ: Камень - это тело.

Хотя, если посмотреть с другой стороны, то камень можно назвать и веществом, если он состоит из однородного вещества.

Безусловно, камень правильнее называть телом. Это тело природного происхождения, минерал или группа минералов. А, вот в составе этого тела, может быть включено достаточно много различных веществ, которые в совокупности и образуют это тело.