Как рассчитать выплаты сотрудникам?

На самом деле это вопрос, требующий ответа в объеме книги. Но я попытаюсь вкратце основные моменты показать.

Расчет выплат сотрудникам ведется на основании отработанного времени, поэтому необходимо вести табель учета рабочего времени сотрудников. Соответственно, имея прописанный в трудовом договоре оклад сотрудника или его часовую тарифную ставку, несложно подсчитать, какая сумма по окладной части сотрудника вырисовывается по результатам месяца. Остальные ежемесячные "зарплатные" выплаты чаще всего считаются как процент от окладной части. Далее - выплаты за то время, которое сотрудник не работал - это отпускные, больничные, дни командировок - считаются по среднему заработку. Для их расчета нужно иметь данные о заработке сотрудника за предыдущие 12-24 месяцев, то есть снова встает вопрос об учете заработка. Это (в очень урезанном формате) были начисления. Далее необходимо учесть удержания. Самое главное - удержать подоходный налог (НДФЛ), затем могут быть удержания по исполнительному производству, отчисления в профсоюз, в НПФ и т.д. Соответственно, начисления - удержания = выплаты "на руки".

Самой удобной программой для учета и расчета заработной платы, на мой взгляд (не будем изобретать велосипедов) является 1С: Зарплата и Кадры.