Анафема разве не противоречие учению Христа?

Нет, не противоречит, потому что Иисус не учил толерантности (терпимости и либеральности) в вопросах Богопочитания и в вопросах веры, а учил терпимости по отношению к недостаткам других. Грех и недостаток в характере/воспитании таки разные вещи. Тогда и убийц не нужно судить по вашему? Вспомните, как Христос бичом (!) выгнал торгующих из Храма и как назвал неверующих в Него (как в Мессию) иудеев - "ваш отец дьявол" Евангелие от Иоанна гл.8 ст 44. Христос не сентиментальный и весьма нетерпим к греху - грех пригвоздит Его к кресту в конце концов, но грешника Он любит и дает ему силы не грешить. Он всегда называл и называет грех своим именем, не вуалируя его.

Анафема - в переводе с греческого "отлучение" и предполагает не карательное воздействие типа смертной казни (раз и навсегда), а полагает обличительное воздействие на виновного с целью его дальнейшего покаяния и служит для остальных верующих знаком не принимать учение/наставление от отлученного, так как можно и самому отпасть от веры, внимая ложному еретическому учению.