Знаки препинания. Правильно?

Можно так:

Благодарю за компанию и лично тех велосипедистов, что помогали чем могли с починкой велосипеда.

или так:

Благодарю за компанию и лично тех велосипедистов, что помогали, чем могли, с починкой велосипеда.

при чем, во втором случае, "чем могли" - вставная фраза, без которой можно обойтись целому предложению. В первом же случае "чем могли" - усиливающая конструкция глагола.

При чем, первые два предложения подразумевают то, что вы присоединяетесь к компании тех людей, которые благодарят велосипедистов. Но, если вы имеете ввиду такое понятие, что велосипедисты есть частью той компании, за которую вы благодарите, то возможно еще два варианта:

Благодарю за компанию, и лично тех велосипедистов, что помогали чем могли с починкой велосипеда.

или

Благодарю за компанию, и лично тех велосипедистов, что помогали, чем могли, с починкой велосипеда.