В каких банках наименьший процент комиссии за снятие наличных?

Это зависит от того, какой банк выпустил вашу карту и с какими банками у него есть договор на льготное снятие средств.

Например, есть Объединенная Расчетная Система (ОРС), к которую входит большое количество банков.

Если карта выпущена банком, входящим в ОРС, то съем средств вообще без комиссии возможен в любых банкоматах банков-членов ОРС.

Также если выпущена премиальная карта а-ля MasterCard Platinum, то съем без комиссии от 3000 рублей возможен во всех банкоматах. Такие карты (дебетовые) выдает, например, банк Тинькофф.