Согласуются ли законы термодинамики с теорией эволюции?

В общем да.

Смысл второго начала термодинамики не только в том, что тепло не может самопроизвольно переходить от холодного тела к горячему, но и в том, что всякая система стремится к своему наиболее вероятному состоянию (следствием чего и является невозможность перетекания тепла). Если есть возможности для возникновения живой материи, то такое состояние системы и будет более вероятным, чем без неё.

Развитие жизни, сиречь эволюция, вполне укладывается в такую трактовку. "Более вероятное состояние" в терминах теории эволюции означает "лучше приспособленное к условиям окружающей среды".