Слова (профессии) на -арь/яр заимствованные или исконно русские?

Не имеет значения, что от какого наречия произошло. Суффикс -арь пришёл в древнерусский язык (общий как для современного русского, так и для украинского языков) из старославянского, то есть искусственного языка, созданного на основе южнославянских диалектов. В какой-то мере старославянский язык можно считать древнеболгарским. То, что в русском языке таких слов может быть больше или меньше, чем в украинском, говорит лишь о разной популярности данного постфикса в разных языках. На порядок их больше в украинском или как-нибудь ещё - значения не имеет. Это называется внутренней логикой развития языка.

• Зря Вы в список слово рыцарь поместили. Это слово - искажённое немецкое, принесённое к нам посредством польского языка. Есть писарь образовано от слова писать, а пекарь - от печь, то нет такого глагола или существительного "рыць" или какого-нибудь ещё. Это просто заимствование, подогнанное под определённую фонетическую модель.

• Такая же история со словом комиссар, заимствованном в таком виде из французского языка (commissaire).

• Из поздней латыни посредством немецкого языка в русский пришло слово юбиляр (jubilarius - Jubilar);

• слово вратарь полностью пришло из старославянского, поскольку в его корне есть неполногласие. По-старославянски врата, а по-русски ворота, но вот что удивительно, в русском языке закрепился старославянский вариант, а в украинском смешанный - воротар. Здесь опять тщетно искать систему, просто так получилось.