Skype самоудаляется.

У меня скайп обновляется самостоятельно - я при установке галочку об этом поставила - не так поняла. Возможно, у вашей версии программы есть какой-то пункт об удалении программы, а вы его не так поняли.

Еще бывает так, что антивирус удаляет программы - он вирусы в них видит. У меня с Торрентом такая беда была. Друг-программист посоветовал удалить ту программу, которая, якобы, с вирусом. Потом переустановить антивирус и установить программу повторно - заработал Торрент. К стати, компанию антивируса менять необязательно.

Еще бывает так, что память на жестком диске мало и "тяжелые" программы пк удаляет сам, чтобы освободить память.