С чего начиналась эволюция микроорганизмов?

Скорее всего - с появления условий для эволюции, движущих механизмов. Такой механизм - конкуренция за ресурсы.

Когда ресурсов пруд пруди - эволюции нет (причём это относится не только к примитивной биологии - читайте новости...). Потому чтои без эволюции всё пучком и всё зашибись как хорошо. А вот когда обжор расплодилось так, что они уже начинают друг другу мешать, потому что соседний микроб сожрал то, на что я уже было нацелился, - вот тогда и приходится эволюционировать.

С заблуждения микробиологов. Эволюция -замкнутый процесс , нельзя точно сказать где кончается развитие и начинается деградация. Можно констатировать лишь трансформацию энергий, которые не появляются из ниоткуда и не исчезают в никуда , поскольку являются флуктуацией вакуума.