Почему второго Романаова называют Алексеем Михайловичем, а не Алексеем I?

Потому что не было Алексее Второго. Вот был бы потом еще царь с таким же именем, тогда бы для их различения и приставили бы номер. Но такого царя не случилось. Хотя например был Царь Павел Первый. Он ведь тоже один был. Скорее всего это он сам себя так именовал в документах. Делал он это из-за не специфических отношений с Екатериной Второй. Вот она вторая, а я значит первым буду. такая видимо логика была.