Почему в Эстонии нет слова «интернационализм»?

Вопрос задан некорректно. Эстония - это государство, страна. У стран не бывает слов в принципе. Слова могут быть лишь в языке. Итак, проверяем, что там в эстонском языке с интернационализмом:

1. В Википедии по-эстонски это слово имеется, с несколькими значениями, по двум из которых даны отдельные статьи.
2. В переводчике Гугла такое слово тоже обнаруживается.
3. Если попробовать какой-нибудь другой онлайн словарь, например, этот, то слово тоже найдётся.

Почему эстонцам противно это слово? Потому что их им перекормили в советские времена. Маленький народ видел за официальной риторикой попытки ассимилировать его. Никого же не удивляет, почему в России слово "демократ" - фактически ругательное. Внеязыковые факторы оказывают на язык не меньшее влияние, чем сугубо языковые.