Почему в Японии Mazda 6 называется Atenza?

Потому что так японцам захотелось. Не только Mazda 6, производимая для внутреннего японского рынка (JDM) имеет собственное, отличное от наименования экспортируемой модели, название. Со многими машинками так.

Например, то, что у нас Toyota Corolla - то у них Toyota Corolla Axio.

Что у них Suzuki Escudo - то у нас Suzuki Grand Vitara.

Subaru Legacy Outback раньше назывался Subaru Legacy Lancaster, если производился для японцев с правым рулём.

Тот минивэн семиместный, который знаком европейцам, как Toyota Picnic - для японцев Toyota Ipsum (или немножечко измененный Gaia).

А если увидите Лексус-паркетник с правым рулём, знайте - перед Вами Toyota Harrier.

Иногда название экспортируемого автомобиля меняют из-за неблагозвучности изначального названия в стране-импортере. Так, например знаменитый японский внедорожник Mitsubishi Pajero продаётся в испаноязычных странах как Mitsubishi Montero, так как Pajero на испанском - очень неприличное слово.

Конкретно Мазды касаясь - она всегда делала машины с левым рулём под иным названием, чем с правым.

Ранее для европейцев были не Mazda 3 и 6, а Mazda 323 и 626, а японские версии звались Familia и Capella, соответственно. То, что у европейцев Mazda 2, то в Японии - Mazda Demio.