Почему так говорят, что «порядок в общежитии, как цвет папоротника»?

Потому, что и то и другое из разряда редких, практически не случающихся явлений. А может быть просто незаметных. На самом деле, порядок в общежитии не такое уж и редкое явление, особенно есть речь идет о преподавателях, которые живут в общежитии, в студенческих комнатах порядок приходится поддерживать под угрозой выселения (иногда), поскольку о поддержании чистоты молодежь действительно задумывается не слишком часто (есть правда приятные исключения, как правило, девушки и юноши воспитанные в строгих семьях, приученные к чистоте и порядку).