Почему система не запускается при подключении второго HDD?

В биосе надо полазить после подключения второго жестного диска и поставить что-то вроде в boot sequence или в boot order или ещё что-то с boot, чтобы первым стартовал жесткий родной жесткий диск. Если не знаете, который родной, Ю который нет, то попробуйте по очереди сначала один поставить, потом другой.

В биос обычно входят при загрузке компа нажимается delete.

А может энергии блока питания на второй hdd не хватает, Система что-нибудь пишет после post-кодов, перезагружается или зависает на каком=-то моменте?

Недостаточно данных. Прописали ли вы с какого носителя стартовать? Очень похоже что загрузочным выбирается пустой диск. Не строили ли вы из этих дисков рейд-массив? Не старая ли материнская плата с дополнительными SATA?

По ходу, у вас просто не указан ни один диск, как загрузочный, вот и система поэтому не запускается. Это понятно, что в Биосе будут видны оба диска, но указанные параметры, видать, не корректные. По крайней мере, так вижу ситуацию со стороны, если считать в расчет, что это случается только при подключении второго жесткого диска.

Причин может быть несколько. Одна из них - Ваш компьютер сбит с толку - какой из жестких дисков считать основным, возможно за основной он принял Ваш второй, на котором нет ОС (если харды типа АТА, то можно попробовать на основной поставить перемычку - Джампер на мастер, а на второй слейв).

Можете попробовать зайти через биос и проверить какая проблема есть, там проверка проведется и выдаст проблему, почему система не реагирует, это самый оптимальный путь, чтобы разобраться, чтобы самому случайно не те настройки выставить.