Почему появляются тёмные пятна на обоях после ремонта?

Не совсем понятно, о каких пятнах идет речь. Никакая штукатурка или шпатлевка пятен оставлять не должны. На обоях появляются обычно два вида пятен:

1. Пятна ржавчины. Иногда на стенах панельных домов и на панели потолка какие-то элементы арматуры могут выходить на поверхность. Благодаря воде в шпатлевке, грунтовке, обойном клее, ржавчина от этой арматуры неизбежно пропитывает обои, в результате чего на обоях появляется коричневое пятно. Стены и потолок нужно тщательно осматривать на наличие таких ржавых пятен и, как минимум, до поклейки обоев закрашивать эти места масляной краской. Она является надежным барьером и для воды к арматуре и для ржавчины к обоям.
2. Пятна черной плесени. Если какое-то место стены охлаждается ниже точки росы, на ней появляется конденсат, а значит благоприятные условия для роста плесени. Если влага присутствует на обоях достаточно долго, плесень неизбежно появится на этом месте.

Других темных пятен на обоях не знаю. Может быть еще имелось в виду просвечивание обоями стены. Если у вас обои достаточно тонкие, чтобы просвечивать, то перед их наклейкой лучше покрыть стену тонким слоем водостойкой белой эмульсионной краски. Тогда никаких дефектов заметно не будет.

Возможно, дело в клее, его необходимо подбирать под тип обоев. Если обои слишком тонкие, они могут просвечивать неидеальные стены.

Если ремонт сделали только что, то вероятнее всего клей еще не успех высохнуть, за 2-3 дня ситуация должна улучшиться

Да нет, стены не просохли, очевидно, после шпаклёвок/грунтовок, надо было дать возможность просохнуть, не гнать клейку, только хуже сделали. Теперь хоть феном суши))

А что у вас за обои? Мы брали фотообои http://klv-oboi.ru/ и специально под них покупали клей, все в порядке, никаких пятен нет. Может вы не правильно подобрали клей?