Почему ООО не выгодно работать с ИП?

Индивидуальный Предприниматель в смысле налогообложения является абсолютно таким же, как ООО. ИП может применять такие же системы налогообложения, как и ООО.

Только в одном случае ООО на ОСНО (с НДС) не выгодно работать ни с ИП, ни с ООО: если ИП или ООО на ЕНВД или УСН, то есть не являются плательщиками НДС, потому что в этом случае ООО на ОСНО не сможет принять к вычету "входящий" НДС.

Поскольку ИП редко бывают на ОСНО, поэтому и бытует такое мнение, что ООО не выгодно работать с ИП.

Правильнее говорить: "ООО на ОСНО не выгодно работать с ИП не на ОСНО" и ""ООО на ОСНО не выгодно работать с ООО не на ОСНО".