Почему мой сын характером похож на мою сестру, а ее сын характером на меня?

Потому что у вас общие гены. Знаю несколько случаев (правда, это больше внешности касается, но это же тоже генетика, как и внутреннее), когда у знакомых ребенок больше похож на брата мужа, а не на мужа, или дочка больше похожа на брата мужа, а не на мужа (внешне), хотя случаи супружеской измены точно исключены.