Почему именно примирение считается нереабилитирующим основанием?

Не только примирение является подобным основанием. В этом же ряду стоит прекращение уголовного преследования по амнистии, за деятельным раскаянием, за истечением сроков давности привлечения к уголовной ответственности и за смертью. Общее у всех этих оснований одно - лицо совершило преступление, но в силу установленных законом правил освобождает либо от уголовной ответственности, либо от наказания. При этом лицо, совершившее преступление, не может требовать компенсации за незаконное уголовное преследование (реабилитации), поскольку уголовное преследование было законным. Это если вкратце.

Реабилитирующими основаниями - это те, когда установлено, что лицо не совершало преступления. Ну или не установлено, что совершало.