Почему домен ru на одном сайте стоит 96 р, а на другом 390 р?

Потому что у разных регистраторов (и у хостинг-провайдеров, которые через них регистрируют домены для своих клиентов) разной величины жаба. Это рынок — каждый ставит те цены, какие считает нужным. Некоторые провайдеры вообще бесплатно домены регистрируют для клиентов — в качестве бонуса. Другие регистрируют за деньги, зато снимают с пользователя разную техническую головную боль. Вам решать, что вам больше нравится.