Почему бегать босиком полезнее, чем в обуви?

Я бы так не сказал. Вот ходить босиком по траве, земле, дереву полезно, но бегать это врятли. Например при легкоатлетическом беге идёт перекат стопы с пятки на носок, причём на пятку приходится вес всего тела и без хорошей супинации возможны повреждения голени, а также микросотрясения позвоночника. Гимнастический бег (на носках) более безопасный, т.к. стопа амортизирует тело, но долго так не побегаешь, из-за высокой однообразной нагрузки на мышцы голени.