«По одной» и «по две» — почему употреблены разные падежи?

Предлог ПО при распределительном значении может управлять Д. или В. падежом числительного.

Большинство числительных в сочетаниях с предлогом ПО употребляются в В.п. (это основной вариант):по семь копеек, по десять очков, по сорок рублей, по триста рублей.

Дательный падеж следует считать исключением, он применяется:

а) со словами "тысяча, миллион, один", которые по тематике относятся к числительным, а по грамматике - к существительным или прилагательным, так как они склоняются по падежам и сочетаются с другими словами соответствующим образом: по тысяче рублей, по одной минуте;

б) с неопределенно-количественными числительными: по многу раз, по нескольку дней;

в) с обычными числительными, но это устаревающий вариант, его лучше не применять.: по пяти рублей, по тридцати минут