Откуда взялись такие неправильные правила русского языка?

Встречный вопрос к автору вопроса: в какой местности Вы живете? Случалось ли Вам общаться с пожилыми людьми, которые в молодости получили хорошее образование и говорят на ПРАВИЛЬНОМ русском языке?

Приведенные Вами примеры отнюдь не являются повсеместными правилами. И, кроме того, Вы, видимо не сталкивались с законами фонетического изменения языка. Постоянно подстраивать правописание под фонетику невозможно - иначе это пришлось бы делать чуть ли не при каждом поколении. При этом русский язык на сегодняшний день едва ли не самый точно передающийся на письме из числа европейских.

Возможно когда-то это было актуально. Любые правила - это договоренности. В случае с языковыми правилами - это договоренности позволяющие унифицировать речь среди тех, кто общается на данном языке. Однако язык находится в развитии. Т.е. время от времени правила меняются, так, чтобы сделать язык более удобным и функциональным. Возможен также и раскол языка. Например, на какой-то территории люди станут говорить и писать "карова". Для них это будет правильно, особенно если их общение с теми, кто пишет "корова" достаточно редкое. Со временем это переростет в диалект, а после может стать и вовсе другим языком (но это уже более обширный процесс, чем подобная смена правил).