Откуда появилась грамматика русского языка такая, какая она есть?

Логика - это раздел математики, а жизнь шире математики. Люди вообще научились говорить намного раньше, чем даже считать до десяти. Люди разумны, именно это делает их людьми.

Айзек Азимов знал, о чём писал

Язык отражает человеческое мышление во всём его многообразии, которое шире логики.

Вопрос сформулирован таким образом, что непонятно, что имеется в виду под "грамматикой". Мы пишем не так, как говорим, потому что орфография консервативна. Именно благодаря этой здоровой доли консерватизма мы можем читать написанное несколько веков тому назад. Орфография русского языка окончательно сложилась к началу XIX века. Это фактически очень молодая система по сравнению с французской, отстающей от реального произношения на солидное количество веков, при этом никто не собирается её модернизировать.

Орфография - это не грамматика. Правописание - это лишь способ записи речи. Если с завтрашнего дня мы решим пользоваться китайскими иероглифами, наши книги станут выглядеть иначе, но говорить мы будем всё ещё по-русски. К революции 1917 г. подавляющее большинство населения России не умело писать, няня Пушкина - Арина Родионовна - не умела писать, но говорить по-русски наш великий поэт научился именно у неё, ведь его родители общались в основном по-французски.