Можно в поезде активировать стоп-кран и почему?

Активировать можно.

Главное, что бы на это была причина, иначе есть шанс получить ущерб здоровью от недовольных пассажиров и административную статью, с последующим наказанием.

Стоп-кран в поезде рассчитан только на экстренные случаи.

Можно, но если активация произошла без надобности, то вас оштрафуют и возможно, даже высадят. "Стоп-кран" нужен для остановки поезда (всего состава) лишь в экстренных случаях.