Можно ли без ущерба для обоих сайтов отделить поддомен от основного?

Отделить поддомен от основного домена можно единственным способом. Зарегистрировать для него новый домен и повесить, как отдельный сайт на хостинг. Если условия хостера и место на диске позволяют, то можно его разместить там же, где и основной. Однако, новый домен автоматически теряет все показатели, которые он имел от основного. Тиц, Alexa и т.д. То есть раскручивать его придется, как новый.

Основной домен от этого практически не пострадает, может какие-то проблемы с поисковой выдачей могут быть, если полностью контент удалить со старого домена. Вот тут стоит предусмотреть этот вариант. Какое то перенаправление, редирект и т.п. Специалисты подскажут.

У меня была похожая ситуация. Не совсем такая. Был сайт и форум, который разросся. С весьма разносторонней тематикой. Решила сделать отдельный только по тематике мошенничества в сети. Просто создала новый домен, сделала на нем сайт, а форум разделила на 2 части. Может, не слишком корректно, но сделала. Однако, на старом форуме часть разделов остались и там предупреждение, что продолжение обсуждения по новому адресу. Но это, наверное, не Ваш случай. Вообще, сложно сказать, не зная, что именно хотите отделить и почему.