Может ли постоянное сканирование документов негативно повлиять на здоровье?

Если имеется ввиду именно сканирование, то никак. Если только от монотонной работы крыша съедет.

Сканер же не "портит" озоном воздух и ничего не излучает. Область сканирования закрыта документом и крышкой.

Если же вы под "сканированием" подразумеваете "копирование", то тогда да, там и тонер-порошок и озон здоровья не прибавляют.

Если помещение небольшое и непроветриваемое, то может. Я не помню какие замеры делаются на рабочем месте около канона, но точно помню, что за превышение ПДК работнику должны выдавать молоко.