Кто придумывал правила и исключения в русском языке?

Жизнь придумала. Язык - это живой организм, он развивается, видоизменяется. Правила - это лишь формулировки наиболее распространённых в языке закономерностей. Вот чего больше в языке, то и становится правилом. А вот почему закономерности всегда не затрагивают какие-то "кусочки" языка, это уже другой вопрос. Причин может быть множество, в том числе и частотность употребления, и благозвучность.

Например, в современном русском языке звук [Э] часто чередуется с [О], происходит это под ударением: ведро - вёдер, несла - нёс. Но в некоторых словах такого чередования нет: леса - лес, места - место. Почему? Потому что современный звук [Э] появился из трёх разных звуков, один из которых обозначался буквой ? (ять). Когда-то он звучал по-другому, и когда в русском языке возникла тенденция превращать под ударением [Э] в [О], слова с [?] к ней никакого отношения не имели, поэтому в них чередование и не произошло. Слова лес и место относятся как раз к таким. Раньше они писались так: л?съ, м?сто. Так и получились исключения в правиле, и таких примеров можно подобрать очень много.