Каково должно быть соотношение зарплат начальника отдела и его заместителя?

Общего по стране никакого и никем такого соотношения не предусмотрено. Но всё что угодно, в том числе и такое соотношение зарплат, может быть описано в Коллективном Договоре ВАшей организации, либо другом каком-то местном документе, действующем только по Вашей организации, но и это вряд ли. Это разница в окладах, зарплатах и премиях основывается на здравом смысле и совести руководства. Конечно, изначально была куча таких таблиц окладов, разрядов , соответсвующих разным специалистом и должностям, но на деле сейчас это не соблюдается нигде.

У нас эта разница в окладах от 20-40%. Но с учетом разных надбавок и премий, которые для начальников тоже больше, то и до 50% может доходить.

Я не думаю, что соотношение зарплат должно сильно отличаться друг от друга. Потому что сами функции отличаются не сильно существенно. Разве что, если это отдел является ключевым на предприятии( офисе), и заместитель начальника не имеет права к примеру делать самостоятельно набор в свой отдел. А остальные все функции к примеру те же самые. Думаю, что разница в зарплатах должна быть только в 10%.