Каким лучше способом решить проблему , несовместимости программ?

Если две программы несовместимы, то их либо нужно запускать в разное время (не одновременно), либо создать на своём компьютере виртуальную машину и вторую программу запускать в ней.

Если же программа несовместима с типом операционной системы, то тогда либо поменять операционную систему, либо также запускать программу в виртуальной машине с подходящей операционной системой.

Есть ещё один вариант: найти похожую аналогичную программу, но которая будет совместима с той, с которой первая оказалась несовместима.