Какие основания для судебных споров есть в сфере перепланировок?

Основаниями (общими, поскольку в Вашем вопросе отсутствует конкретика) для судебных споров могут служит:

1. Перепланировка помещения без обязательной разрешительной документации в нарушение строительных, санитарных, противопожарных норм и правил, в нарушение прав и законных интересов третьих лиц (например, соседей в МКД). Учтите, что не не все виды работ необходимо специальное разрешение, в соответствии с нормами ГрК и ЖК РФ.
2. Нарушение прав и законных интересов третьих лиц, в частности, при перепланировке жилого помещения может быть нарушено право на использование общего имущества жильцов (например, кухни в квартире), которые имеют право собственности на долю в этом помещении.
3. В случае самовольной перепланировки арендованного помещения без согласования с арендатором (субарендатором) и при отсутствии последующих процедур согласований с ним. При этом, вполне возможно произвести перепланировку, вызвать кадастровых инженеров, поставить на учёт новый объект в Кадастровой палате и даже получить кадастровый паспорт на руки с отметкой о не предоставлении документации, подтверждающей правомерность проведения перепланировки.
4. При отсутствии обязательного решения о проведении реконструкции общего собрания членов товарищества (исключительная компетенция членов ТСЖ) в случаях, установленных законом(см. ФЗ "О товариществах собственников жилья").