Какая система счисления наиболее эффективна для обработки числовых данных?

Смотря для чего эффективная. Если в плане чисто физической реализации, то двоичная - есть напряжение, заряд (или намагниченность) и не важно какой полярности или нет его вообще (1 и 0), если физической реализации плюс максимальный объем вычислений при меньших энерго и других затратах, то как и сказал ВладимирЪ - симметричная с основанием 3, - есть отрицательный заряд, нету никакого, есть положительный заряд ({-1,0,+1}, {-,0,+}). Если же на первое место выступает краткость записи, то за основу нужно брать как можно большее число, лишь бы символов хватило для обозначения (например, все символы юникода - на сегодняшний день около 110 000). Для обычного счета, естественно, 10-чная.

По физически занимаемому месту на носителе информации все системы счисления будут равнозначными, с поправкой на то, к какому виду они приведутся в конце - к двоичной или троичной СС (в троичной на одно и то же кол-во "кластеров" должно записаться в 1,5 раза больше). Последнее утверждение верно, если рассматривать его с точки зрения логики обывателя - реальные цифры будут зависеть от многих факторов (правила разметки носителей, принципы обработки и хранения информации и мн. др.)