Как сделать «умную» перелинковку на сайте?

Определяем анкоры для ссылок. Чем больше запросов по определенной ключевой фразе, тем больше именно эту ключевую фразу можно использовать в качестве анкора.

Так же можно добавить ссылки: тут, здесь и т.п.

Запросы берем из статы лиру. Группируем все запросы ведущие на одну статью (выбираем основные и хвосты к ним). И так для каждой статьи.

Далее подбираем релевантные страницы через поиск яндекс - запрос site:site для основного запроса. Если не лень, то можно и для хвостов так делать, но думаю - это лишнее.

На первых трех-пяти статьях найденных по запросу ставим основной анкор и его словоформы. На остальных статьях - запрос с хвостами.