Как разобрать по составу слово «Навигация»?

В русском языке есть такой суффикс -АЦИ- со значением действия, например, в словах иллюстрАЦИя, кристаллизАЦИя, телефонизАЦИя, колонизАЦИя, систематизАЦИя и много-много других подобных слов.

Вот и в слове НАВИГАЦИЯ присутствует такой суффикс.

Подобрав родственные слова (например, навигатор, навигационный), можно определить и значимую морфему слова - корень НАВИГ-.

Теперь об окончании.

На конце этого слова стоит буква Я, причем стоит она после гласного И.

Все это указывает на наличие в слове суффикса -Й-, который на письме не имеет специального графического обозначения, а буква Я в таком случае обычно имеет такое обозначение: [Й/А], где Й относится к суффиксу, А - к собственно окончанию.

Таким образом, морфемный состав слова таков:

НАВИГ/АЦИЙ/А - корень/суффикс/окончание.

Приведу пример предложения с этим словом.

Наиболее современные методы НАВИГАЦИИ космических летательных аппаратов - это астрономические и радиотехнические методы.