Как прочистить вирусы в системе если антивирусник их не видит?

Достаточно сделать восстановление системы или с помощью специальной программы восстановить системный реестр, очистив его тем самым до состояния в котором он изначально был, скажем с завода.

Лично мой совет скачать с любого ресурса (торрент) образ какого-нибудь "лайв сд" и при помощи прямых рук запустить систему с носителя на котором тот или иной образ. В комплекте с мини системой будет набор программок, ими и воспользуйтесь. После извлеките носитель, запустите штатную "свою родную" систему и наслаждайтесь. Лекарства может и не быть вовсе

P.S Утилита для оптимизации работы системы ещё ни кому не повредила, при правильном подходе к вопросу о производительности системы

Загрузиться в безопасном режиме, перед этим скачав, например, бесплатную утилиту Cureit от DrWeb, и проверить ею на вирусы все, что хочется - хоть всю систему целиком. У Касперского тоже подобная услуга есть - можно провериться несколькими программами. А вообще - если антивирус ничего не видит, может быть, и нету у вас никаких вирусов? Или же программы с ними включены в список исключений? Ссылки, например:

http://www.kaspersky.ru/virus-scanner

http://www.freedrweb.com/cureit/?lng=ru