Как правильно: крохотный или крошечный? В чем отличие?

Верны оба варианта, конечно. Оба слова имеются в литературном языке. Прилагательные "крошечный" и "крохотный" не имеют ни значительных лексических, ни стилистических различий. Но если бы у меня попросили не в словарь синонимов заглянуть, а интуитивно выбрать из этих двух слов доминанту для данного короткого синонимического ряда, то я бы, наверное, остановилась на прилагательном "крошечный". С языковой точки зрения, оно выглядит несколько более нейтрально. А "крохотный" (подобно прилагательному "махонький") утрирует основной семантический признак слова, ещё более привнося в него значение мизерности.

Подчеркну, что это просто интуитивное восприятие.

Предложения:

1. "На берегу реки стоял крошечный домик"
2. "Домик был не крошечным, а просто крохотным, малюсеньким".