Как правильно говорить: аптечный препарат или медицинский препарат?

Я бы сказала "лекарственный препарат" (думаю, что лексической избыточности не будет), если возможен вариант, отличный от предложенных. Если он нелекарственный, то это скорее "средство". Но порой пишут и "препарат".

Чаще всего, имя существительное "препарат" сочетается с прилагательными, которые обозначают ту или иную фармакологическую группу, указывают на его состав или соотносимость данного препарата с какой-либо формой терапии.

Например:

Гормональный препарат, таргетный препарат, белковый препарат, неогаленовый препарат.

Прилагательные могут определять и другие его качества - уникальный, эффективный, американский, российский и так далее. А то, что он является фармакологическим, бывает понятно из контекста и подразумевается по умолчанию. Если контекст отвлечённый, и нужно ввести читателя в курс дела, чтобы он понял, о чём вообще речь, то я из предложенных Вами слов выбрала бы "медицинский" или "фармакологический". А если требуется подчеркнуть, что лекарство не подпольное и продаётся в аптеках, то "аптечный".