Как будет правильно? Тонна помидоров или помидор?

В русском языке в форме родительного падежа множественного числа многих названий овощей и фруктов нормативным является окончание -ов/-ев:

килограмм персиков, лимонов, абрикосов, апельсинов.

Поэтому правильно скажем "тонна помидоров".

Исключением в этой морфологической норме русского языка является форма множественного числа родительного падежа слова "яблоко" - нет яблок; килограмм, тонна яблок.

Но при этом существуют и формы родительного падежа множественного числа с нулевым окончанием:

слива - нет слив;

груша - много груш.

А слово "баклажан" имеет обе формы, с нулевым окончанием и окончание -ов, как нормативные: пять килограммов баклажан и баклажанов.

Формы существительных мужского рода родительного падежа множественного числа с нулевым окончанием являются пока разговорными, но вполне возможно, скоро и они утвердятся в языке как нормативные. Так велико влияние разговорной речи.