Этимология слова «вишкіл»?

У каждого слова не одно значение, а несколько, со всевозможными нюансами. Именно поэтому большинство слов можно переводить не исключительно одним-единственным, а выбирать из ряда синонимов. Вот так и со словом "обучение". В обычном нейтральном стиле оно переводится на украинский как "навчання".

Что же касается слова "вишкіл", то это не просто обучение, а тщательное, привитие каких-либо навыков, приучение к дисциплине. Поэтому здесь скорее речь идёт о выучке, муштре, тренировке - называйте, как хотите, при желании можно подобрать синонимы как с положительным, так и с отрицательным смыслом.

Как образовалось это слово? Методом нулевой суффиксации от глагола "вишколити", а уж он пошёл от всем нам знакомого слова "школа"

Ничего странного для славянских языков здесь нет. В украинском языке в подавляющем большинстве слов в закрытом слове гласный [о переходит в гласный [i], этот же процесс происходит в данном случае.

Что до образования существительных от глаголов методом нулевой суффиксации, то она весьма популярна и в русском языке. Сравните:

• прогулять - прогул
• запить - запой

В русском языке есть также разговорное слово близкое по значению к украинскому слову "вишкіл" - "вышколка". Вся разница лишь в том, что суффиксация оказалась не нулевой, а вполне конкретной, а значения в принципе такие же. Произошло оно также от глагола вышколить и опирается на его основные значения:

Именно близость понятий обучения и дрессировки говорит о том, что это довольно старые слова. Они ведут своё появление из тех времён, когда школьное обучение подразумевало фактически дрессировку детей, вынужденных заучивать наизусть учебники по страницам. Вспомните сказку Антония Погорельского "Чёрная курица, или Подземные жители". Главная проблема героя - Алёши - состояла именно в необходимости выучивать учебники наизусть:

Что должен был учить наизусть целыми страницами десятилетний мальчик, можно посмотреть здесь.

Не понимание, а именно механическое зазубривание ценилось в те времена. Обучение как дрессировка человеческих детёнышей - язык отразил этот подход к процессу. Со временем глагол "вышколить" приобрёл негативный смысл, а произошедшая от него "вышколка" в литературном языке не прижилась - в русском. Украинский же язык - это другой славянский язык, и в нём происходят собственные процессы по своей собственной внутренней логике.

Вопрос о том, какое слово кому нравится, при изучении близкородственных языков не стоит. Болгар, например, не интересует, нравится ли русским или чехам слово "прахосмукачка", главное, чтобы оно их самих устраивало.