Имеет ли право военный корабль принять на борт гражданское население?

Имеет! И даже не только имеет такое право, но зачастую даже обязан это делать в случае экстренной эвакуации например при эпидемиях или из зоны ведения боевых действий. Военный флот перевозит особо важных политических деятелей, например Н.Хрущев во время его визита в Англию был доставлен крейсером, по моему Киров.