Где остановиться машине, если стоп-линия и светофор не совпадают?

Если стоп-линия и светофор не совпадают, то останавливаться нужно у стоп линии

Пунк 6.13. Правил дорожного движения.

А Правила надо трактовать буквально, как там и написано. Это Закон.

Даже если так получается, что светофор стоит первее стоп-линии, то надо проехать светофор и остановится перед стоп-линией при запрещающем сигнале светофора.

А вот если бы вообще не было стоп-линии, тогда нужно было бы остановиться перед светофором, опять же, согласно пункту Правил 6.13, последний подпункт.