Если проверять текст статьи на Орфограммке, не потеряет ли он уникальность?

Ваш текст может потерять уникальность только в одном случае: если вы добиваетесь её с помощью заведомо ошибочного написания слов – Орфограммка предложит вам их исправить (написать корректно). В этом случае уникальность может слегка понизиться, но качество статьи возрастёт значительно больше.

Не думаю, что такое может произойти. Я иногда проверяю на этом сайте тексты перед продажей (не всегда, только, если, например, большой текст). После проверки на Орфограммке всегда уникальность оставалась той же.